journal article·2023

Superstructure-dependent stability of DNA origami nanostructures in the presence of chaotropic denaturants

Marcel Hanke, Daniel Dornbusch, Emilia Tomm, Guido Grundmeier, Karim Fahmy, Adrian Keller

Nanoscale· Volume 15· Issue 41
Publisher page

Abstract

-free conditions and may provide the possibility to optimize DNA origami design toward maximum stability in diverse chemical environments. Finally, it is demonstrated that melting temperature measurements may overestimate the stability of certain DNA origami nanostructures in certain chemical environments, so that such investigations should always be complemented by microscopic assessments of nanostructure integrity.
Source: openalex_inverted_index · Quality: candidate unverified · Source record ↗

Research context

OpenAlex topics: Advanced biosensing and bioanalysis techniques · RNA Interference and Gene Delivery · Plasmonic and Surface Plasmon Research

SciVX discovery tags are terminology-based. OpenAlex topics are source-provided classifications.

Affiliations

Paderborn University, Technical and Macromolecular Chemistry, Warburger Str. 100, 33098 Paderborn, Germany

Helmholtz-Zentrum Dresden-Rossendorf, Institute of Resource Ecology, Bautzner Landstrasse 400, Dresden 01328, Germany

Cluster of Excellence Physics of Life, TU Dresden, Dresden 01062, Germany

Funding

Deutsche Forschungsgemeinschaft

References (51)

Show source-provided references
1. Rothemund · Nature · 2006 · 440 · 29710.1038/nature04586 ↗
2. Keller · Angew. Chem., Int. Ed. · 2020 · 59 · 1581810.1002/anie.201916390 ↗
3. Smith · Adv. NanoBiomed Res. · 2021 · 1 · 200004910.1002/anbr.202000049 ↗
4. Engelen · Annu. Rev. Biophys. · 2021 · 50 · 46910.1146/annurev-biophys-110520-125739 ↗
5. Wamhoff · Annu. Rev. Biophys. · 2019 · 48 · 39510.1146/annurev-biophys-052118-115259 ↗
6. Dass · J. Phys. Chem. C · 2021 · 125 · 596910.1021/acs.jpcc.0c11238 ↗
7. Hui · Adv. Funct. Mater. · 2022 · 32 · 211233110.1002/adfm.202112331 ↗
8. Ramakrishnan · Comput. Struct. Biotechnol. J. · 2018 · 16 · 34210.1016/j.csbj.2018.09.002 ↗
9. Linko · Small · 2023 · 230193510.1002/smll.202301935 ↗
10. Bila · Biomater. Sci. · 2019 · 7 · 53210.1039/C8BM01249K ↗
11. Manuguri · Bioconjugate Chem. · 2023 · 34 · 610.1021/acs.bioconjchem.2c00311 ↗
12. Wang · RSC Adv. · 2015 · 5 · 5873410.1039/C5RA12159K ↗
13. Linko · Sci. Rep. · 2015 · 5 · 1563410.1038/srep15634 ↗
14. Kim · Chem. Mater. · 2014 · 26 · 526510.1021/cm5019663 ↗
15. Zhu · ACS Appl. Mater. Interfaces · 2017 · 9 · 1843410.1021/acsami.7b04784 ↗
16. Xin · Small · 2020 · 16 · 190595910.1002/smll.201905959 ↗
17. Sala · Nanoscale · 2021 · 13 · 1119710.1039/D1NR02013G ↗
18. Kielar · Angew. Chem., Int. Ed. · 2018 · 57 · 947010.1002/anie.201802890 ↗
19. Xin · Small · 2022 · 18 · 210739310.1002/smll.202107393 ↗
20. Veneziano · Science · 2016 · 352 · 153410.1126/science.aaf4388 ↗
21. Bednarz · Nanoscale · 2023 · 15 · 131710.1039/D2NR05780H ↗
22. Hahn · ACS Nano · 2014 · 8 · 876510.1021/nn503513p ↗
23. Ramakrishnan · ChemBioChem · 2019 · 20 · 281810.1002/cbic.201900369 ↗
24. Castro · Nat. Methods · 2011 · 8 · 22110.1038/nmeth.1570 ↗
25. Benson · Nature · 2015 · 523 · 44110.1038/nature14586 ↗
26. Ramakrishnan · Nanoscale · 2016 · 8 · 1039810.1039/C6NR00835F ↗
27. Hanke · Comput. Struct. Biotechnol. J. · 2022 · 20 · 261110.1016/j.csbj.2022.05.037 ↗
28. Hanke · Int. J. Mol. Sci. · 2022 · 23 · 854710.3390/ijms23158547 ↗
29. Ramakrishnan · Small · 2017 · 13 · 170210010.1002/smll.201702100 ↗
30. Dempsey · J. Am. Chem. Soc. · 2011 · 133 · 730010.1021/ja201349g ↗
31. Heyda · J. Am. Chem. Soc. · 2017 · 139 · 86310.1021/jacs.6b11082 ↗
32. Mason · J. Phys. Chem. B · 2009 · 113 · 322710.1021/jp8112232 ↗
33. Kubíčková · J. Phys. Chem. Lett. · 2011 · 2 · 138710.1021/jz2005495 ↗
34. Okur · J. Phys. Chem. B · 2017 · 121 · 199710.1021/acs.jpcb.6b10797 ↗
35. Lybaert · Electrochim. Acta · 2015 · 182 · 69310.1016/j.electacta.2015.09.107 ↗
36. Patnaik · Metall. Mater. Trans. B · 2015 · 46 · 125210.1007/s11663-015-0301-6 ↗
37. Kurmanbayeva · Front. Energy Res. · 2020 · 8 · 59900910.3389/fenrg.2020.599009 ↗
38. Ding · Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. · 2017 · 114 · 100310.1073/pnas.1618071114 ↗
39. Collins · Chem.-Biol. Interact. · 1977 · 19 · 19710.1016/0009-2797(77)90031-X ↗
40. Melchior · Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. · 1973 · 70 · 29810.1073/pnas.70.2.298 ↗
41. Shen · Sci. Adv. · 2018 · 4 · eaap897810.1126/sciadv.aap8978 ↗
42. Ijäs · Nucleic Acids Res. · 2021 · 49 · 304810.1093/nar/gkab097 ↗
43. Kielar · Molecules · 2019 · 24 · 257710.3390/molecules24142577 ↗
44. Ramakrishnan · Nanoscale · 2019 · 11 · 1627010.1039/C9NR04460D ↗
45. Fang · J. Am. Chem. Soc. · 2020 · 142 · 878210.1021/jacs.0c01254 ↗
46. Suma · Nucleic Acids Res. · 2020 · 48 · 467210.1093/nar/gkaa080 ↗
47. Kanesaka · J. Raman Spectrosc. · 1998 · 29 · 81310.1002/(SICI)1097-4555(199809)29:9<813::AID-JRS307>3.0.CO;2-F ↗
48. Zhu · J. Mol. Biol. · 2003 · 328 · 23510.1016/S0022-2836(03)00249-3 ↗
49. Hanke · Nanoscale · 2022 · 14 · 1155210.1039/D2NR02701A ↗
50. Nečas · Open Phys. · 2012 · 10 · 18110.2478/s11534-011-0096-2 ↗
51. Hanke · ChemBioChem · 2023 · 24 · e20230033810.1002/cbic.202300338 ↗