Single-molecule imaging of DNA polymerase I (Klenow fragment) activity by atomic force microscopy
Source abstract
Abstract
We report a DNA origami-facilitated single-molecule platform that exploits atomic force microscopy to study DNA replication. We imaged several functional activities of the Klenow fragment of E. coli DNA polymerase I (KF) including binding, moving, and dissociation from the template DNA. Upon completion of these actions, a double-stranded DNA molecule was formed. Furthermore, the direction of KF activities was captured and then confirmed by shifting the KF binding sites on the template DNA.
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Research context
OpenAlex topics: Advanced biosensing and bioanalysis techniques · Force Microscopy Techniques and Applications · Advanced Electron Microscopy Techniques and Applications
SciVX discovery tags are terminology-based. OpenAlex topics are source-provided classifications.
Affiliations
Division of Physical Biology & Bioimaging Center
Shanghai Synchrotron Radiation Facility
CAS Key Laboratory of Interfacial Physics and Technology
Shanghai Institute of Applied Physics
Chinese Academy of Sciences
Agricultural Nanocenter
School of Life Science
Inner Mongolia Agricultural University
Hohhot 010018, China
References (49)
Show source-provided references
1. Ando · Curr. Opin. Struct. Biol. · 2014 · 28 · 6310.1016/j.sbi.2014.07.011 ↗
2. Endo · Acc. Chem. Res. · 2014 · 47 · 164510.1021/ar400299m ↗
3. Kim · J. Am. Chem. Soc. · 2014 · 136 · 1375410.1021/ja5063983 ↗
4. Fotiadis · Nature · 2003 · 421 · 12710.1038/421127a ↗
5. Raab · Nat. Biotechnol. · 1999 · 17 · 90210.1038/12898 ↗
6. Endo · Angew. Chem., Int. Ed. · 2012 · 51 · 877810.1002/anie.201201890 ↗
7. Thomson · Biophys. J. · 2013 · 104 · 365a10.1016/j.bpj.2012.11.2026 ↗
8. Crampton · Nucleic Acids Res. · 2006 · 34 · 541610.1093/nar/gkl668 ↗
9. Hansma · Struct. Biol. · 1999 · 127 · 24010.1006/jsbi.1999.4170 ↗
10. Rivetti · J. Microsc. · 1999 · 18 · 4464
11. Thomson · Biophys. J. · 1999 · 76 · 102410.1016/S0006-3495(99)77267-X ↗
12. Kasas · Biochemistry · 1997 · 36 · 46110.1021/bi9624402 ↗
13. Suzuki · FEBS Lett. · 2012 · 586 · 318710.1016/j.febslet.2012.06.033 ↗
14. Suzuki · Methods · 2015 · 86 · 410.1016/j.ymeth.2015.05.018 ↗
15. Gao · Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. · 1997 · 94 · 40710.1073/pnas.94.2.407 ↗
16. Joyce · Annu. Rev. Biochem. · 1994 · 63 · 77710.1146/annurev.bi.63.070194.004021 ↗
17. Steitz · Science · 1994 · 266 · 202210.1126/science.7528445 ↗
18. Berdis · J. Chem. Rev. · 2009 · 109 · 286210.1021/cr800530b ↗
19. Brautigam · Curr. Opin. Struct. Biol. · 1998 · 8 · 5410.1016/S0959-440X(98)80010-9 ↗
20. Yuce · RSC Adv. · 2014 · 4 · 3680010.1039/C4RA06144F ↗
21. Mandal · RSC Adv. · 2013 · 3 · 2079310.1039/c3ra41882k ↗
22. Chen · Nat. Nanotechnol. · 2011 · 6 · 63910.1038/nnano.2011.141 ↗
23. Mi · Small · 2009 · 5 · 259710.1002/smll.200901147 ↗
24. Li · Angew. Chem., Int. Ed. · 2005 · 44 · 510010.1002/anie.200500403 ↗
25. Santoso · Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. · 2010 · 107 · 71510.1073/pnas.0910909107 ↗
26. Datta · Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. · 2010 · 107 · 1798010.1073/pnas.1012277107 ↗
27. Abel · J. Am. Chem. Soc. · 2013 · 135 · 639910.1021/ja401036t ↗
28. Billingsley · Phys. Biol. · 2012 · 9 · 02100110.1088/1478-3975/9/2/021001 ↗
29. Kasas · Biochemistry · 1997 · 36 · 46110.1021/bi9624402 ↗
30. Rothemund · Nature · 2006 · 440 · 29710.1038/nature04586 ↗
31. Ding · J. Am. Chem. Soc. · 2010 · 132 · 324810.1021/ja9101198 ↗
32. Qian · Chin. Sci. Bull. · 2006 · 51 · 297310.1007/s11434-006-2223-9 ↗
33. Endo · J. Am. Chem. Soc. · 2010 · 132 · 159210.1021/ja907649w ↗
34. Ke · Science · 2008 · 319 · 18010.1126/science.1150082 ↗
35. Voigt · Nat. Nanotechnol. · 2010 · 5 · 20010.1038/nnano.2010.5 ↗
36. Fu · Nat. Nanotechnol. · 2014 · 9 · 53110.1038/nnano.2014.100 ↗
37. Suzuki · Nucleic Acids Res. · 2014 · 42 · 742110.1093/nar/gku320 ↗
38. Endo · Acc. Chem. Res. · 2014 · 47 · 164510.1021/ar400299m ↗
39. Suzuki · J. Am. Chem. Soc. · 2014 · 136 · 21110.1021/ja408656y ↗
40. Okholm · Nanoscale · 2015 · 7 · 1097010.1039/C5NR01945A ↗
41. Wu · J. Am. Chem. Soc. · 2013 · 135 · 1217210.1021/ja403863a ↗
42. Murphy · Biophys. J. · 2004 · 86 · 253010.1016/S0006-3495(04)74308-8 ↗
43. Klenow · Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. · 1970 · 65 · 16810.1073/pnas.65.1.168 ↗
44. Wu · Nanoscale · 2011 · 3 · 248110.1039/c1nr10181a ↗
45. Maier · Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. · 2000 · 97 · 1200210.1073/pnas.97.22.12002 ↗
46. Dahlberg · Biochemistry · 1991 · 30 · 483510.1021/bi00234a002 ↗
47. Bustamante · Biochemistry · 1992 · 31 · 2210.1021/bi00116a005 ↗
48. Schwartz · Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. · 2009 · 106 · 2029410.1073/pnas.0907404106 ↗
49. Maxwell · J. Biol. Chem. · 2013 · 288 · 1159010.1074/jbc.M113.459982 ↗